长期以来，中心同中科院遗传与发育研究所、中科院成都生物研究所、中科院上海生命科学研究院、中科院植物研究所、中国农业科学院、中国农业大学、西北农林科技大学、南京农业大学、兰州大学、甘肃农业大学、青海大学等国内许多高校和科研院所建立了良好的合作交流机制，在项目申报、人才培养和短期培训、学术交流等方面进行了卓有成效的合作，形成了长期互惠的合作交流机制。

　　中心有多人曾到加拿大农业与农业食品部谷物研究中心、日本鸟取大学农学部植物遗传育种实验室、墨西哥国立自治大学（UNAM）生物技术研究所、国际小麦玉米改良中心等国外相关研究机构访问交流或从事博士后研究，在种质资源引进、人员培训和学术交流方面建立了长期合作关系。