在国际合作方面，与美国加利福尼亚大学伯克利分校、德国马堡地理科学系、瑞典隆德大学植物生理系开展了长期合作研究，并参加了Asia Flux等国际组织。
其中与德国Marburg大学的合作研究起始于1997年，主要开展高寒草甸生态系统的演化人工控制实验。2001年与日本国立环境研究所开展青藏高原碳通量的长期观测；
　  2003年与德国Marburg大学合作开展 “青藏高原生态系统演化历史和趋势”的研究； 2004年获得国际原子能机构资助，开展了“运用瘤胃分子学技术预测和提高牦牛生产力的研究”；与美国加利福尼亚大学伯克利分校合作开展 “全球变化及土地利用对青藏高原高寒草甸生态系统的影响”研究，在界权威学术杂志、国际四大生态学期刊之一的Ecology Letters（IF=8.204）“Experimental warming causes large and rapid species loss，dampened by simulated grazing，on the Tibetan Plateau”的重要研究论文。
　  2005—2007年，与美国Arizona大学合作，开展小哺乳动物行为进化研究；与新西兰Landcare Research科学家合作，开展小哺乳动物管理研究；与美国The University of Montana开展捕食者与猎物协同进化研究；与英国阿伯丁大学John Speakman博士合作，开展高原特有动物冷适应研究；与美国农业部亚利桑那干旱区水分国家重点生态中心Bruce博士在全球变化生态学开展合作；与“Mammal Review”杂志副主编，英国Belfast Queen’s大学Robbie McDonald博士合作，开展动植物协同进化研究；这些合作研究的开展，为提升生态中心的整体研究水平起到推动作用，使生态中心在国际上影响进一步扩大，为生态中心成为高原生物研究的国际化研究机构奠定了坚实的基础。